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Im Alter von sechzehn Jahren beginnt Juanjo bei seinem Vater Bandoneon zu studieren. Im Jahr 1989 ist er Gast von Marcel Azzola bei Radio France. Er wurde ausgewählt, um das Bandoneon in einer Sendung vorzustellen, die den Balginstrumenten gewidmet war, neben Marc Perrone, Richard Galliano, um nur einige Mitglieder dieser grossen Familie zu nennen.
Im selben Jahr wurde am Konservatorium von Gennevilliers die Bandoneonklasse eingerichtet. Er wurde 1993 mit dem ersten Preis ausgezeichnet und unterrichtete dort fünf Jahre lang als Assistent der Klasse seines Vaters und als Lehrer am Konservatorium von Alfortville. Juanjo Mosalini ist derzeit Leiter der Tangoabteilung des Konservatoriums von Gennevilliers.